Папа Юлий, возможно, даже упал на колени и стал молиться, когда художник наконец показал готовую фреску, изображавшую неумолимого Судью от слова которого содрогается равно добро и зло. Фреска эта сразу же вызвала бурю споров по поводу того, что фигуры на картинах обнажены, исполнены тайны и нетрадиционны. Курия была ошеломлена количеством символов намеков и неоплатонических образов, не знала, как реагировать на это, и осудила художника за изображение обнаженных людей; более того, требовала полного уничтожения фрески. Активнее других за это ратовал Бьяджо да Чесена, папский церемониймейстер, который якобы узнал себя в образе судьи Миноса; и только неистовый протест крупнейших деятелей искусства Рима смог воспрепятствовать уничтожению «Страшного суда».

Вода, сочившаяся сквозь трещины в стенах капеллы, слои краски, наносимые впоследствии поверх изображения, и свечная копоть угрожали истребить плоды фантазии Микеланджело. Лучше бы плесень уничтожила образы пророков и сивиллы покрылись копотью! Лишь только главный реставратор Бруно Федрицци взобрался на леса, лишь только он успел очистить изначальные образы пророков от темного слоя нагара, клея и растворенных в масле красителей, как наследие великого художника ожило и механизм был запущен. Сам Микеланджело словно воскрес как ангел возмездия.

Ранее на фреске пророк Иоиль держал в руках свиток пергамента, на котором не было ни единой буквы. Теперь же, после реставрации, на нем отчетливо было видно букву «А». Альфа и омега, первая и последняя буквы греческого алфавита с давних времен считались христианскими символами. Но труд реставраторов был напрасен: они отчищали пергамент, выполненный в технике «а фреско», до тех пор, пока тот не стал ярко-белым, но буквы «О» так и не нашли. Зато в книге, которую эритрейская сивилла, изображенная возле пророка Иоиля, ставила на подставку для чтения, проступили буквы I – F – А. Это необычайное открытие, не известное широкой общественности, вызвало горячие споры.